На 2 август 1933 г. фон Ширах издава декрет, забраняващ на младите да принадлежат едновременно и към HJ, и към религиозно (католическо или лутеранско) младежко движение. Това води до директна конфронтация с две силни институции, а по това време Хитлер предпочита да избягва конфликтите.

Лутеранската църква протестира срещу декрета на фон Ширах. Въпреки многото дискусии между представители на църквата и ръководството на HJ, в крайна сметка лутераните са принудени да отстъпят много от младежките си групи на HJ.

На 19 декември 1933 г. фон Ширах и водачът на лутераните Лудвиг Мюлер постигат споразумение. Лутеранските евангелистки младежи под 18 години ще бъдат слети с HJ. Ако някой реши да не се включи в HJ, то той не може да се зачисли и към групите на Лутеранската църква. Младежите, изповядващи лутеранството, могат да посещават два пъти месечно черковна служба. Лутеранските младежки групи ще носят униформите на HJ.

Макар привидно да се поддържа някаква "независимост", на практика лутеранските младежки групи престават да съществуват.

Политическите различия с Католическата църква продължават по-дълго. Главната причина за това е, че за католиците папата в Рим е глава на вярата, и отчасти защото германската политика и католическата вяра дълго време са вървели ръка за ръка.

От края на XIX век Рим се опитва да подпише конкордат с Германия. А тя по множество причини избягва разглеждането на този въпрос. Първоначално Хитлер е против подписването на конкордат с Рим. Но той добре съзнава, че не може да си позволи политическо отчуждение с папа Пий XII и немските католици.

На 1 юли 1933 г. фон Ширах нарежда заграбването на множество центрове на младежките католически групи и издава много укази, прекратяващи дейността им.

Немското министерство на вътрешните работи също добре схваща какви биха могли да бъдат последиците, ако NSDAP се забърка в конфликт с Католическата църква в Германия и Европа. И въпреки това министерството не може да спре действията на фон Ширах. На 8 юли 1933 г. те го извикват и му нареждат да престане с по-нататъшните преследвания на младежките католически организации. Хитлер също тихо се примирява с това, че HJ ще трябва да оставят католическите групи сравнително цели.

На 20 юли 1933 г. хитлеристка Германия подписва конкордат във Ватикана. Той донася временна защита за много католически институции в Германия, сред които са и младежките организации на църквата.

От 1933 до 1939 г. по-скоро привидно за обществеността католическото младежко движение е оставено намира от HJ. Но нацистката младежка организация скрито продължава да упражнява натиск върху католическите групи официално да се влеят в нея. След 1939 г. HJ става по-агресивна и бавно принуждава католическата младеж да се слеят.